Najważniejszym aspektem gospodarki centralnie planowanej, który został poddany krytyce przez J.G. Zielińskiego, był rachunek bezpośredni w połączeniu z niewłaściwym systemem bodźców. Rachunek ekonomiczny stanowi ogół metod niezbędnych do dokonania przez podmiot gospodarujący wyboru optymalnej drogi osiągnięcia danego celu (Juszczyński, 1968, s. 73). Rachunek ekonomiczny w gospodarce socjalistycznej musiał odpowiadać specyficznie ustalonemu celowi. W gospodarce kapitalistycznej (zgodnie z teorią neoklasyczną) celem przedsiębiorstw jest maksymalizacja zysku, natomiast celem konsumentów jest maksymalizacja użyteczności. Ogólny wzrost dobrobytu społeczeństwa osiągany jest poprzez dążenie jednostek do jak największych korzyści w procesie gospodarowania. Kwestią sporną pozostaje poziom ingerencji państwa w mechanizm rynkowy. Natomiast w gospodarce socjalistycznej przyjęto, że głównym celem produkcji jest dążenie do optymalnego zaspokojenia materialnych i kulturalnych potrzeb całego społeczeństwa poprzez wzrost i doskonalenie produkcji (Nasiłowski, 1981, s. 65).
J.G. Zieliński podkreślił, że w ekonomii politycznej socjalizmu zabrakło powiązania pomiędzy ogólnym celem gospodarki socjalistycznej (maksymalizacja zaspokojenia potrzeb, które są niemierzalne) a wytycznymi dla polityki gospodarczej. Uważał też, że istniał problem związku pomiędzy ogólnym celem a celami poszczególnych podmiotów: „Wydaje się, że nie dostrzegano tego, iż istnienie jasno sprecyzowanego celu formacji nie oznacza równoczesnego rozwiązania problemu motywów działania podmiotów gospodarujących. Przeciwnie, idealistycznie sądzono, że zmiana celu formacji z maksymalizacji zysku na zaspokojenie potrzeb całego społeczeństwa automatycznie oznacza analogiczne przeobrażenie motywów podmiotów gospodarujących (przedsiębiorstw)(Zieliński, 1989, s. 88).
Postawienie ogólnego celu, wprowadzenie centralnego planowania oraz uspołecznienie środków produkcji było sprzeczne z naturą ludzką i wiązało się z koniecznością zastosowania odpowiedniego rachunku.
J.G. Zieliński dostrzegał fakt, że zarówno w gospodarce kapitalistycznej, jak i socjalistycznej ogromną rolę dla podejmujących decyzje odgrywa ich własny interes. Twierdził, że przedsiębiorstwo socjalistyczne będzie kierowało się troską o zaspokojenie potrzeb społecznych tylko wtedy, gdy jest to w zgodzie z interesami osobistymi kolektywu przedsiębiorstwa (Zieliński, 1989, s. 88–89). Niestety zauważył, że preferencje konsumentów bardzo często były drugorzędne w stosunku do interesów dyrektorów przedsiębiorstw, co skutkowało niedoborami towarów oraz ich wadliwością.
Okazuje się, że głównym problemem gospodarki socjalistycznej było rozdzielenie sfery dystrybucji od sfery produkcji. O ile w gospodarce kapitalistycznej państwo zaburza relacje pomiędzy nimi poprzez redystrybucję dochodu oraz utrzymywanie sektora publicznego, to w socjalizmie nie istniał związek pomiędzy produktywnością a wynagrodzeniem czynników wytwórczych, chociaż zakładała to obowiązująca doktryna.
J.G. Zieliński nie miał wątpliwości co do natury ludzkiej i jej pozytywnego wpływu na funkcjonowanie gospodarki kapitalistycznej, którą uważał za naturalną w porównaniu z gospodarką centralnie planowaną: „Analiza sztucznie stworzonych społeczeństw pozwala nam lepiej zrozumieć nieodłączne cechy historycznie ukształtowanych stosunków i/lub mechanizmów społeczno-ekonomicznych. Wydaje mi się, że dwie spośród tych cech mają fundamentalne znaczenie:
-posiadanie wbudowanego zabezpieczenia przed wrodzonymi słabościami natury ludzkiej, od lenistwa, przez egocentryzm do kompleksu wyższości;
-posiadanie również wbudowanych sił równoważących, które, działając poprzez nasz własny interes, powodują – w sumie – że zachowujemy się w sposób społecznie do przyjęcia i często pożyteczny.
Analiza »wymyślonych przez człowieka« mechanizmów wykazuje, że ich niezdolność do spełniania swej roli – w większości wypadków – wynika z braku jednej lub obu wyżej wymienionych cech”(Zieliński, 1981, s. 115).
Słowa te pokazują, że J.G. Zieliński podważał fundamenty gospodarki socjalistycznej, czyli jej oparcie na błędnej wizji natury człowieka. Ustrój ten nie zapewniał motywacji do zwiększania wysiłku, który jest premiowany w warunkach gospodarki rynkowej. W dodatku sprzyjał zachowaniom nieefektywnym poprzez stosowanie niewłaściwego systemu bodźców.
W świetle tych niedostatków centralnego planowania J.G. Zieliński oraz A. Wakar zaproponowali sposoby ich ograniczenia. J.G. Zieliński pierwotnie postulował decentralizację procesu podejmowania decyzji w gospodarce centralnie planowanej. Uważał, że dzięki temu osiągnięte zostanie zwiększenie jej efektywności. Decentralizacja pozwala na przyspieszenie procesu podejmowania decyzji, uniknięcie problemu zniekształcania informacji w procesie jej przekazywania pomiędzy niższymi i wyższymi szczeblami w hierarchii zarządzania procesem produkcji oraz obniżenie kosztów przekazywania informacji. Jego podejście było bliskie koncepcji przedstawionej w 1902 r. przez K. Kautsky’ego, według której istniała konieczność stosowania pieniądza nawet w socjalizmie. Model scentralizowany powinien dotyczyć środków produkcji, a w sferze konsumpcji powinien odgrywać większą rolę rynek.
Niestety A. Wakar i J.G. Zieliński uznali, że daleko idące reformy typu rynku kierowanego (na wzór węgierski) były nie do przyjęcia w dającej się przewidzieć przyszłości w Polsce (Zieliński, 1973, s. XX). Wobec tego w 1960 r. rozpoczęli pracę nad teorią rachunku bezpośredniego i możliwością ulepszenia systemu centralnego planowania, rezygnując z argumentacji na rzecz decentralizacji gospodarki.
J.G. Zieliński krytykował rachunek ekonomiczny stosowany przez większość krajów socjalistycznych, czyli wspomniany już rachunek bezpośredni. Opierał się on na następujących założeniach:
1) ilość każdego nakładu na jednostkę produktu jest określona technologicznie i może być traktowana jako dana,
2) zestaw technicznych wskaźników nakładów określa w sposób automatyczny odpowiadającą mu strukturę cen, płac i zysków w gospodarce narodowej (Zieliński, 1989, s. 55).
W związku z tym cena równa jest kosztowi jednostkowemu powiększonemu o zysk na jednostkę. Taki sposób ustalania ceny wyeliminował efekt substytucyjny teorii produkcyjności krańcowej, co stanowi poważną słabość rachunku bezpośredniego, który sprowadzał się do bezpośredniego koordynowania wielkości fizycznych (np. podaż stali będąca funkcją mocy produkcyjnych i innych warunków materialno-technicznych była odnoszona do zapotrzebowania na stal jako wyniku innego rachunku technicznego) (Zieliński, 1989, s. 55–56).
Ceny i płace nie spełniały więc roli równoważącej, ponieważ wielkości podaży i popytu na dany produkt nie są w rachunku bezpośrednim funkcją jego ceny, a popyt na siłę roboczą nie jest funkcją płac (Zieliński, 1989, s. 55–56). Kwestia cen stanowiła nierozwiązywalny problem rachunku bezpośredniego. Centralny planista, ustalając ceny, odrębnie traktował sfery konsumpcji i produkcji, kształtując odrębne i w dużym stopniu wzajemnie niezależne poziomy cen: z jednej strony dla producentów, a z drugiej dla konsumentów (Polański, 1987, s. 1287). Wobec tego w gospodarce socjalistycznej nie istniał jeden ogólny poziom cen, powodując także to, że pieniądz miał różną siłę nabywczą w zależności od sfery (Polański, 1987, s. 1287).J.G. Zieliński krytykował stosowanie cen operatywnych (różne ceny dla dostawców i odbiorców), które najczęściej nie były cenami równowagi, skąd wynikała potrzeba rozdzielnictwa i reglamentacji środków produkcji (Zieliński, 1989, s. 58). Trudno było o racjonalność w tego rodzaju rachunku. Z jednej strony podział odbywał się na podstawie cen determinowanych przez koszty, a z drugiej w drodze reglamentacji opartej na niejasnych kryteriach.
J.G. Zieliński i A. Wakar uważali także za błędny system bodźców polegający na traktowaniu jako podstawy do premiowania wartości produkcji w cenach zbytu przy stosowaniu wspomnianych cen operatywnych. Powodowało to, że produkt A, który wymagał dwa razy więcej nakładów niż produkt B, był od niego także dwa razy droższy (Wakar, Zieliński, 1962). Premiowanie kierownictwa przedsiębiorstw oparte na wartości produkcji wyrażonej w tak ustalanych cenach powodowało, że w jego interesie było zastępowanie produktu B produktem A. Z tego powodu autorzy uznali stosowany system premiowy i sposób kształtowania cen za sprzeczne ze sobą (Wakar, Zieliński, 1962). Podkreślić też trzeba, że sytuacja ta sprzyjała marnotrawstwu, ponieważ nie istniały bodźce do ograniczania nakładów.
J.G. Zieliński i A. Wakar stwierdzili, że sposobem zapobiegania występowaniu tej sprzeczności jest albo dostosowanie systemu cen do systemu bodźców, albo stworzenie systemu bodźców odpowiadającego przyjętej metodzie ustalania cen. Autorzy wykazali, że nie jest możliwe znalezienie adekwatnego sposobu ustalania cen do praktykowanego systemu bodźców. Konieczne byłoby zrównanie cen wszystkich czynników produkcji, aby ceny danych dóbr konsumpcyjnych ustalane na podstawie kosztów były równe (np. cena ubrania w 100% bawełnianego i cena ubrania w 40% bawełnianego), co zniechęcałoby producentów do preferowania drogich materiałów. A. Wakar i J.G. Zieliński uważali, że istnieją jednak poważne przeszkody we wprowadzeniu takiego systemu cen. Byłby on sprzeczny ze zdrowym rozsądkiem, gdyż ceny dóbr, które są zawsze i wszędzie wysokie (np. bawełny), byłyby równe cenom dóbr relatywnie tanich, a nawyk myślenia, że stosunek cen powinien odpowiadać stosunkowi wartości, jest trudny do przezwyciężenia (Wakar, Zieliński, 1962). Zmiana metody ustalania cen nie doprowadziłaby także do efektywnego użycia zasobów ani do uniknięcia konieczności stosowania podwójnego systemu cen.
A. Wakar i J.G. Zieliński poddali więc krytyce podstawę praktyki centralnego planowania, twierdząc, że zasada jednej ceny jest kluczowa dla osiągnięcia technicznej efektywności produkcji. Co więcej, podkreślili, iż podwójny system cen przyjęty w gospodarce socjalistycznej był efektem zewnętrznego charakteru metod produkcji (ustalanych przez urzędników na szczeblu centralnym bez uwzględnienia kierownictwa przedsiębiorstw), które ani nie były wewnętrznie spójne, ani skoordynowane ze strukturą cen. Według autorów w bezpośrednim rachunku ekonomicznym nie istnieją optymalne w swej istocie ceny oraz system bodźców.
J.G. Zieliński stwierdził, że w gospodarce socjalistycznej istota problemu optymalnej alokacji zasobów wiązała się z brakiem racjonalnych cen, które odzwierciedlałyby rzadkość zasobów (Zieliński, 1962a, s.1–3). Ceny kształtowane przez centralnego planistę nie stymulowały przedsiębiorstw do oszczędności nakładów. W związku z tym rachunek bezpośredni uniemożliwiał wybór najlepszych metod produkcji (Zieliński, 1962a, s. 7). Z drugiej strony jednak, wybór optymalnej technologii z punktu widzenia gospodarki jako całości, a nie z punktu widzenia zysku prywatnego inwestora, jest niemożliwy nie tylko w przypadku rachunku bezpośredniego w gospodarce socjalistycznej, lecz także w przypadku gospodarek rynkowych krajów rozwiniętych i rozwijających się (Zieliński, 1962a, s. 11).
J.G. Zieliński miał w planach wydanie podręcznika akademickiego do ekonomii politycznej socjalizmu we współpracy z wybitnymi polskimi ekonomistami. Jak wspomina A. Lipowski, który miał być jednym z redaktorów książki, J.G. Zieliński uważał, że obowiązujące w tamtym okresie pozycje były zbyt apologetyczne, gdyż koncentrowały się na ukazywaniu gospodarki centralnie planowanej wyłącznie z dobrej strony. Istniała więc potrzeba stworzenia podręcznika bardziej obiektywnego, a zarazem krytycznego. Niestety służba bezpieczeństwa uniemożliwiła mu realizację tego ambitnego planu.
Pomimo przeszkód zainteresowania badawcze J.G. Zielińskiego zarówno w Polsce, jak i poza jej granicami koncentrowały się wokół gospodarki centralnie planowanej oraz jej reformy polegającej na urynkowieniu przede wszystkim tych sektorów gospodarki, które zajmowały się produkcją dóbr konsumpcyjnych. Analizując specyfikę kapitalizmu, dostrzegał zalety mechanizmu rynkowego, a także jego ograniczenia wynikające z monopolizacji, stąd jego podejście dalekie było od wolnorynkowego, które dominowało, już po jego śmierci, od lat 80. XX w. w polityce gospodarczej krajów rozwiniętych, jak Stany Zjednoczone Ameryki. Wbrew pozorom sposób widzenia kapitalizmu, jaki prezentował J.G. Zieliński, może być bardziej interesujący dla dzisiejszego czytelnika niż dla jego współczesnego, który mógł żyć w „bloku wschodnim”, nie rozumiejąc badanej problematyki lub mógł być mieszkańcem „bloku zachodniego”, który stał u progu powszechnej deregulacji i prywatyzacji.